# 第 4 步：不同设计论文候选 v2.2

筛选日期：2026-10-09。**先筛选与静态审阅，后冻结目标，再运行数值分析**。保留第 2 / 3 步工作区；不发布。此次检索使用 NCBI Entrez 官方 API，查询：`medplot[Title] OR 10.1371/journal.pone.0284904[Article Identifier] OR 10.1371/journal.pcbi.1008473[Article Identifier]`，返回 3 篇。初次宽泛查询的引号短语未被索引匹配，不能当作完整系统综述；原始响应保存在本地 build。

| 候选与原始记录 | 可核查设计、材料 | 版本、许可与访问条件 | 复现成本与选择 |
|---|---|---|---|
| Ahlin 等，2015，**medplot**，[PubMed](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/25837352/) · [全文](https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0121760) · [代码](https://github.com/crtahlin/medplot) | 临床纵向重复测量；正文明确展示混合模型效应、公开 EM 示例数据、完整统计函数、19 个 SI 文件 | 全文及 SI 的出版者声明 CC-BY-4.0；作者包 DESCRIPTION 为 GPL-3，包内提供 GPL 文本。数据随 GPL-3 包分发，未找到单独的数据许可，不改标为本项目 MIT。公开下载不要求账号、培训或 DUA。发表前最后可定位提交 `b81c02788e9a223505ac8dc7b52fd9a641669b2d`（2015-01-22）；不是由论文明确标定的确切运行提交。最新提交 `1c8365ca0c79459170b2108ac12fe2db982303ba` 在 2016 年，不能直接当成发表版本 | **选定**：少量对象 / 访视，限定一个结局的 LMM 与 GLMM；当前 R 的旧接口兼容性、原运行环境缺失需要记录。无需安装完整 Shiny 应用。安装耗时与模型耗时以后记录，不先宣称通过 |
| Young 等，2023，**Mutual information: Measuring nonlinear dependence in longitudinal epidemiological data**，[PubMed](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37099536/) · [全文](https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0284904) · [代码](https://github.com/young1062/information_estimation) | 术中时间序列、术后事件时间；论文链接 [Duke 数据 DOI](https://doi.org/10.7924/r45q52g2t) | 全文 CC-BY；数据 DOI 实际重定向到 Duke record/230，但本次请求返回 HTTP 202 空正文，尚未确认下载、条款及文件哈希；代码仓库主要为互信息估计，未核到完整 Cox 清洗 / 建模管线，未确认代码许可证与分析提交 | 不选：不能用“论文说公开”替代实际数据访问核查；生存分析材料尚不足。不运行，不声称不能复现整篇 |
| Luna 等，2020，**A joint modeling approach for longitudinal microbiome data improves ability to detect microbiome associations with disease**，[PubMed](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33315858/) · [全文](https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1008473) | 重复微生物组测量与分娩事件时间联合模型；作者 R 代码在 SI，数据链接 NBZIMM tutorial | 正文 / SI CC-BY；[公开数据目录](https://github.com/abbyyan3/NBZIMM-tutorial/tree/master/NBMM-longitudinal-temporal-data/)及[作者教程](https://pamelanluna.github.io/mbjm-tutorial/)。论文要求 rstanarm 开发版，尚未定位当时扩展功能的精确提交与完整依赖锁；数据单独许可 / 作者执行环境未完成核查。不能把一个教程仓库的 API 404 解读为“无作者代码” | 后续专题：Stan 联合建模、MCMC 诊断及历史开发版恢复成本较高。本步不降低材料标准，也不将未跑写成失败 |

## 期刊索引证据独立记录

PubMed 只用于确认文章记录。PLOS ONE 有 [Clarivate 官方历史公告](https://wokinfo.com/news/plosone/)明确说明纳入 **Science Citation Index Expanded**，2010 年开始收录并追溯早期内容。公告不是 2026 年当前 Master Journal List 截图，也不是选定 2015 文章的 WoS 单篇入藏号。本轮不能据此填造 UT、年度覆盖证明或最新分区。当前 MJL 页面及文章级记录的核查状态在案例来源清单中另列；PLOS Computational Biology 在本轮未完成独立 SCIE 核查。两项均不由 PubMed 收录替代。

## 选定案例的限定问题

medplot 使用真实临床研究的公开示例。限定核查恶心强度与“是否恶心”的第 14 天相对基线对比，以及数据概况、基线疲劳比例。这与 NHANES 复杂抽样横断面案例不同：同一患者有多条记录，时间是类别，效应有条件 / 边际解释，访视缺席与变量缺失要分开。不是治疗的因果效应，也不是验证 medplot 所有模型或本项目全部推荐。

许可处理：正文、SI、未改作者 GPL 代码和数据只下载到忽略的 `build/纵向论文材料v2.2/`；公开工作区只放自写入口、来源 / 哈希、冻结数字、派生教学结果及必要署名。本步不执行 GitHub 发布。