# medplot 限定纵向对照 v2.2

22/27 一致 · 5 项差异 · 0 个选定数字未计算。**本次离线 check 只是快照核对；以下数字来自已记录的 R 实际运行。**

225 位患者 · 812 条访视 · 88 个缺席访视（按四时点网格）。恶心强度：计划 14 天访视−基线 β 0.34963，95% profile CI [0.1114, 0.5879]。连续作者函数经单处接口兼容适配运行。 恶心存在：计划 14 天访视相对基线条件 OR 1.7673，95% Wald CI [1.0068, 3.1021]。原始 Logistic 作者函数直接运行。

计算开始：2026-10-09 02:59:02 UTC；目标冻结：2026-10-09T00:49:29.676950+00:00；冻结 SHA-256：`8864d5d321271b669027d170cae15a2c2d8c14552a7ab4086eae931dc57a5563`。

![两种效应尺度与正文 / SI 对照](assets/纵向论文效应图v2.2.png)

| 对照点 | 原文 | 实算 | 差值 | 预设容差 | 状态 | 原文位置 |
|---|---:|---:|---:|---:|---|---|
| rows | 812 | 812 | 0 | 0 | 一致 | Main PDF p11, Results > Demo data > Summary tabs paragraph 1; S1 Fig |
| patients | 225 | 225 | 0 | 0 | 一致 | Main PDF p11, Results > Demo data > Summary tabs paragraph 1; S1 Fig |
| occasions | 4 | 4 | 0 | 0 | 一致 | Main PDF p11, Results > Demo data > Summary tabs paragraph 1; S1 Fig |
| patients4 | 166 | 166 | 0 | 0 | 一致 | Main PDF p11, Results > Demo data > Summary tabs paragraph 1; S1 Fig |
| patients3 | 29 | 30 | 1 | 0 | 差异 | Main PDF p11, Results > Demo data > Summary tabs paragraph 1; S1 Fig |
| patients2 | 30 | 29 | -1 | 0 | 差异 | Main PDF p11, Results > Demo data > Summary tabs paragraph 1; S1 Fig |
| males | 100 | 100 | 0 | 0 | 一致 | Main PDF p11, Results > Demo data > Summary tabs paragraph 1; S1 Fig |
| itemMissingRows | 2 | 1 | -1 | 0 | 差异 | Main PDF p11, Results > Demo data > Summary tabs paragraph 1; S1 Fig |
| fatigueCount | 152 | 152 | 0 | 0 | 一致 | Main PDF p11, Summary tabs, fatigue paragraph; Fig 3 |
| fatigueDenominator | 225 | 225 | 0 | 0 | 一致 | Main PDF p11, Summary tabs, fatigue paragraph; Fig 3 |
| fatiguePercent | 68 | 67.55555556 | -0.444444 | 0.5 | 一致 | Main PDF p11, Summary tabs, fatigue paragraph; Fig 3 |
| fatigueLowerPercent | 61 | 61.0142932 | 0.0142932 | 0.5 | 一致 | Main PDF p11, Summary tabs, fatigue paragraph; Fig 3 |
| fatigueUpperPercent | 74 | 73.62691912 | -0.373081 | 0.5 | 一致 | Main PDF p11, Summary tabs, fatigue paragraph; Fig 3 |
| linearEstimateText | 0.35 | 0.3496256687 | -0.000374331 | 0.005 | 一致 | Main PDF p13, Analysis tabs, longitudinal nausea paragraph |
| linearLowerText | 0.11 | 0.1113701375 | 0.00137014 | 0.005 | 一致 | Main PDF p13, Analysis tabs, longitudinal nausea paragraph |
| linearUpperText | 0.59 | 0.5878894444 | -0.00211056 | 0.005 | 一致 | Main PDF p13, Analysis tabs, longitudinal nausea paragraph |
| linearEstimateSI | 0.34963 | 0.3496256687 | -4.33125e-06 | 5e-06 | 一致 | S13 Fig (s016), Nausea / Level 14 row; manually read original TIFF before any model run |
| linearLowerSI | 0.11 | 0.1113701375 | 0.00137014 | 0.005 | 一致 | S13 Fig (s016), Nausea / Level 14 row; manually read original TIFF before any model run |
| linearUpperSI | 0.5879 | 0.5878894444 | -1.05556e-05 | 5e-05 | 一致 | S13 Fig (s016), Nausea / Level 14 row; manually read original TIFF before any model run |
| linearPSI | 0.0042 | 0.004207600318 | 7.60032e-06 | 5e-05 | 一致 | S13 Fig (s016), Nausea / Level 14 row; manually read original TIFF before any model run |
| logisticEstimateText | 1.77 | 1.767288353 | -0.00271165 | 0.005 | 一致 | Main PDF p13, final paragraph: presence of nausea after 14 days |
| logisticLowerText | 1.02 | 1.006828566 | -0.0131714 | 0.005 | 差异 | Main PDF p13, final paragraph: presence of nausea after 14 days |
| logisticUpperText | 3.07 | 3.102125055 | 0.0321251 | 0.005 | 差异 | Main PDF p13, final paragraph: presence of nausea after 14 days |
| logisticEstimateSI | 1.77 | 1.767288353 | -0.00271165 | 0.005 | 一致 | S14 Fig (s017), Nausea / Level 14 row; source CI differs from main text |
| logisticLowerSI | 1.007 | 1.006828566 | -0.000171434 | 0.0005 | 一致 | S14 Fig (s017), Nausea / Level 14 row; source CI differs from main text |
| logisticUpperSI | 3.1 | 3.102125055 | 0.00212506 | 0.005 | 一致 | S14 Fig (s017), Nausea / Level 14 row; source CI differs from main text |
| logisticPSI | 0.047 | 0.0472925849 | 0.000292585 | 0.0005 | 一致 | S14 Fig (s017), Nausea / Level 14 row; source CI differs from main text |

## 差异解释与版本边界

正文 p11 把三次 / 两次访视人数写成 29 / 30；S1 Fig 明确为 30 / 29，公共输入实算与 S1 相同。正文说两个记录的结局缺失，S1 和数据只有基线 Insomnia 一个值缺失。原文可能有叙述或编辑差错，但作者意图未经确认，不替作者订正。
正文 p13 的 OR 区间为 1.02–3.07；S14 为 1.007–3.10，当前作者函数计算与 S14 的舍入一致。不能用舍入解释正文端点的差异，也不能证明正文使用了哪个历史算法。最新提交数据与选定发表前数据逐字节相同（核查 SHA 见来源说明），因此这三类冲突不是这两个数据版本之间的改变。
日期质量检查：1 条访视 Date 早于该患者基线。原始记录不修复、不排除；选定模型按分类 Measurement 拟合，不能据此认证实际日期正确。
原始连续函数因 `lmerTest::summary` 不再导出而失败；本项目保存原错误，仅把该调用换成 `summary`，由 S3 派发到当前 lmerTest 方法。数据、公式、估计方法、CI 算法和冻结目标不改。当前 R 版本的相符不证明恢复了作者 2015 年运行环境。

## 已执行与仍需核查

| 项目 | 实际状态 |
|---|---|
| ID / 结局范围 / 分母 | 患者-时点键、0–10 范围、四时点、变量 NA 与访视缺席分开检查 |
| LMM / GLMM 收敛 | 两个独立同公式诊断拟合均返回优化代码 0、无收敛消息、非奇异；完整梯度 / 方差 / 参数记录在结果对象 |
| 缺失机制与充分诊断 | 未独立确认 MAR、残差 / 随机效应分布、影响点、替代相关结构或敏感性 |
| 全论文 | 其他症状、置换、多重比较、非线性、bootstrap 图表和 GUI 未重跑；不能用27个数字代表整篇 |
| AI / 真人 | 没有调用和评分模型，没有开展初学者试用 |

[候选与许可](纵向论文候选v2.2.md) · [研究卡片、复跑及方法讨论](纵向论文验证v2.2.md) · [实际结果对象](assets/纵向论文结果v2.2.json)

署名：Ahlin Č, Stupica D, Strle F, Lusa L (2015). [PLOS ONE 正文与补充材料](https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0121760)，CC-BY-4.0；[作者 medplot](https://github.com/crtahlin/medplot) 代码 / 包内数据 GPL-3（单独数据许可未找到）。作者原始文件只在本地忽略目录。